Początków Parafii NSJ należy dopatrywać się w schyłku XIX wieku, kiedy coraz bardziej podkreślano potrzebę budowy świątyni katolickiej na terenie Wrzeszcza. Wówczas pomiędzy Gdańskiem a Oliwą nie było żadnej świątyni katolickiej.

W 1894 roku społeczność katolicka Wrzeszcza wystosowała petycję do władz diecezji Chełmińskiej z prośbą o utworzenie osobnej placówki duszpasterskiej oraz w dalszym planie budowę własnej świątyni. Od 1896 roku działało Towarzystwo Budowy Kościoła Katolickiego we Wrzeszczu, które bardzo sprawnie gromadziło środki na budowę świątyni.

Upłynęło kilka lat, dopiero w marcu 1900 do pracy duszpasterskiej we Wrzeszczu został skierowany wikariusz oliwski ks. Hubert Kralewski. Na terenie ofiarowanej posesji Jantzenów, w ciągu trzech miesięcy, wybudowano okazałą plebanię, która w swej części parterowej służyła przez ponad dziesięć lat jako pierwsza z prawdziwego zdarzenia kaplica. 2 listopada 1891 roku, kuria pelplińska wydała dekret, na mocy którego została utworzona długo oczekiwana placówka skupiona przy kaplicy filialnej. W pracy, dotychczasowego duszpasterza, zastąpił ks. Jan Scherle. Bardzo gorliwie zajął się pracą na rzecz tworzącej się samodzielnej Parafii. Ważnym celem było przygotowanie do budowy świątyni. Ksiądz Jan sprowadził do Wrzeszcza siostry elżbietanki.
historia

Aktu kanonicznego erygowania parafii Najświętszego Serca Jezusowego we Wrzeszczu dokonano 1 kwietnia 1911 roku. Liczbę wiernych na owy czas określano na 9 do 10 tysięcy. Konsekracji świątyni dokonał, sufragan diecezji chełmińskiej, ks. Biskup Jakub Klunder we wtorek Wielkanocny 18 kwietnia tegoż samego roku. Podczas pierwszej wojny światowej zarekwirowano część wyposażenia z metali kolorowych na cele militarne, między innymi trzy dzwony oraz cynowe piszczałki z organów. Po wojnie straty te nie zostały w pełni zrekompensowane.

W roku 1920 przeprowadzone zostały pierwsze misje zwane "wielkimi". Poprowadzili je ojcowie franciszkanie z Olsztyna. W 1922 roku do pracy na terenie parafii przybywa ks. Franciszek Rogaczewski, obecnie ogłoszony błogosławionym przez Jana Pawła II. Siedem lat pracuje jako wikariusz. Daje się poznać jako świątobliwy kapłan. Cieszy się uznaniem całej polskiej społeczności katolickiej w Gdańsku, szanują go również jako kapłana niemieccy katolicy. W 1924 przybywa ks. Bronisław Komorowski, również podniesiony do godności błogosławionego przez Jana Pawła II. Powierzono mu tworzenie nowej placówki duszpasterskiej dla Polaków w Gdańsku Wrzeszczu. Mieszkając na terenie parafii NSJ, z wielkim zapałem realizuje dzieło przebudowy dawnej pruskiej ujeżdżalni koni. Utworzony Kościół pw. Św. Stanisława Biskupa miał stać się ośrodkiem życia religijnego Polaków.

Już w okresie międzywojennym mówiono o konieczności budowy domu na potrzeby życia religijnego parafii. Niestety realizacja tego przedsięwzięcia musiała poczekać wiele lat. Kościół "na Czarnej" w wyniku działań wojennych z lat 1939-1945 doznał poważnych zniszczeń. Na skutek bombardowania Wrzeszcza runęło sklepienie wraz z sygnaturką. Ogień strawił bardzo dotkliwie plebanię, spaliły się wówczas księgi parafialne, komplet akt i dokumentów. Po zakończeniu działań wojennych znaczna część mieszkańców została wysiedlona do Niemiec. Troska o parafię została powierzona przybyłemu ze Lwowa ks. Józefowi Zator-Przytockiemu. Bardzo dynamicznie organizował życie religijne. Wielkim wyzwaniem było usunięcie zniszczeń powojennych a szczególnie rekonstrukcja sklepienia i dachu świątyni. W okresie od 9 do 23 marca 1947 roku odbywały się w parafii pierwsze po wojnie misje święte. Ks. Arcybiskup Romuald Jałbrzykowski dokonał pobłogosławienia kopii cudownego obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej.

Rok 1948 obfitował w ważne wydarzenia w życiu rządcy parafii. W maju uzyskał promocję doktorską na Uniwersytecie w Toruniu. Ukończył prace związane z odbudową plebanii. Jednak 5 września został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa. Wówczas rozpoczęła się gehenna tego kapłana, niesłusznie oskarżonego w politycznym procesie farsie, skazanego na więzienie gdzie na skutek nieludzkiego traktowania bardzo podupadł na zdrowiu.
historia

Pod nieobecność Proboszcza funkcję administratora powierzono ks. Pawłowi Baranowskiemu. W 1950 przybywa ks. Jan Mokrzycki, najpierw w charakterze rezydenta, później zaczyna tworzyć Duszpasterstwo Akademickie. Kościół "na Czarnej" staje się centralnym ośrodkiem duszpasterstwa dla młodzieży studiującej w Gdańsku.

Czterokrotnie przebywał na terenie parafii Prymas Tysiąclecia ks. kardynał Stefan Wyszyński, 9 czerwca 1952 roku, 18 stycznia 1959 roku, 11 kwietnia 1964 roku i 28 maja 1966 roku. Podczas pobytów wygłaszał kazania do młodzieży akademickiej.Dwukrotnie parafia podejmowała dostojnego gościa, ówczesnego Metropolitę Krakowskiego ks. arcybiskupa Karola Wojtyłę, przyszłego papieża Jana Pawła II. 28 maja sprawował on Mszę świętą dla młodzieży akademickiej.

Dnia 1 lutego 1981 roku parafię objął nowo mianowany przez biskupa gdańskiego proboszcz ks. Mikołaj Samp.

W marcu 1982 rozpoczęto bardzo ważną inwestycję, o której była już mowa w okresie międzywojennym, budowę Domu Katechetycznego.19 września tegoż roku biskup gdański Lech Karczmarek dokonał wmurowania kamienia węgielnego. Budowę okazałego budynku, w którego wznoszeniu brało udział wielu parafian, ukończono w 1984 roku.

Ważnym momentem w życiu parafii było ustanowienie Sanktuarium Matki Bożej Ostrobramskiej oraz koronacji kopii Jej cudownego obrazu 25 marca 1987 roku. Od tamtego dnia cotydzień w środę o godzinie 18.30 odbywa się Nowenna do Matki Bożej Miłosierdzia, po której przed wizerunkiem Madonny sprawowana jest Msza św.

W roku 1998 w ramach przygotowań do obchodów stulecia wspólnoty parafialnej rozpoczęto szeroko zakrojone prace konserwatorsko - remontowe. Malowaniu poddano całe wnętrze świątyni, wymieniono całe poszycie dachowe z ceramicznego na miedziane, przeprowadzono konserwacje wszystkich ołtarzy, ambony, stalli i innych sprzętów należących do wyposażenia Świątyni.

22 czerwca 2001 roku, mocą dekretu biskupa gdańskiego, podniesiono Kościół parafialny do godności Kolegiaty oraz erygowano przy niej Kapitułę Kolegiacką.